28. Kweken en identificeren van bacteriën:
Diversiteit van bacteriën
Algemene info
Voorzichtige schattingen ramen het totaal aantal soorten bacteriën op aarde op 600.000. Daarvan zijn er momenteel slechts 6000 gekend. De voorgestelde oefeningen hebben tot doel de grote diversiteit aan en alomtegenwoordigheid van bacteriën in de ons omringende wereld aan te tonen.
Omschrijving
De eerste namiddag start met een korte inleiding over het voorkomen en diversiteit van bacteriën en over hun karakterisatie en identificatie (klassiek vs. DNA). Basis principes om veilig en steriel te werken worden benadrukt. In de praktische proeven worden bacteriën geïsoleerd uit verschillende bronnen waaronder: water, yoghurt, haar, mond, vingers, lucht, allerlei voorwerpen (munt, pen etc). Deze moeten gedurende enige dagen in een warme kamer groeien voor ze zichtbaar zullen worden. Anderzijds zullen we ook een aantal reeds zuivere referentie culturen uitplaten en antibiotica gevoeligheidstests opzetten.
De tweede namiddag (een week later) start met een korte inleiding over microscopie en over cultuur collecties van bacteriën. In het praktisch deel worden de isolaten van vorige week bekeken, met binoculaire loep en microscoop. Gram kleuringen worden uitgevoerd. De resultaten van de antibiotica tests worden afgelezen. De namiddag wordt afgesloten met een rondleiding bij de BCCM/LMG cultuur collectie, de Belgische collectie van bacteriën die meer dan 20.000 verschillende stammen huist. Er wordt o.a. getoond hoe bacteriën op lange termijn bewaard worden, het belang van type en patent stammen wordt besproken.
Begeleiders
Dr. Tom Coenye
- Studie van bacteriele evolutie en diversiteit mbv benaderingen gebaseerd op volledige genoomsequenties.
- Taxonomie en identificatie van respiratoire pathogenen bij mucoviscidosepatiënten (met de nadruk op het genus Burkholderia en aanverwante genera).
Dr. Geert Huys
- Moleculaire ecologie van antibiotica resistenties in gefermenteerde levensmiddelen, aquacultuur, en het humane gastro-intestinaal stelsel
- Identificatie en detectie van probiotische melkzuurbacteriën
- Taxonomie, typering, en fylogenie van omgevingsopportunisten (Aeromonas en Acinetobacter)
Dr. Anne Willems
- heeft o.a. gewerkt op diversiteit, taxonomie van bepaalde Pseudomonas groepen, Clostridium, Bacteroides en verwante genera en werkt momenteel op:
- Evolutie, diversiteit en identificatie van rhizobia, stikstof fixerende bacteriën die in symbiose kunnen leven met vlinderbloemige planten, en verwante bacteriële groepen.
- Multi-Locus Sequence Typing (sequentie analyse van huishoudgenen) voor de studie van evolutie, diversiteit en classificatie van bacteriën.
Dr. Jeroen Heyrman
- behaalde zijn doctoraat met een studie van de bacteriële gemeenschap geassocieerd met beschadigde muurschilderingen. Momenteel is hij bezig met taxonomisch onderzoek van een abundante groep grondbacteriën behorend tot het genus Bacillus en met de genomische karakterisering van de 'Bacillus subtilis'-groep gebruik makend van Multi Locus Sequence Typing.
Plaats
Laboratorium voor Microbiologie
Vakgroep Biochemie, Fysiologie en Microbiologie
en
BCCM/LMG Bacteria Collection
Universtiteit Gent
K.L. Ledeganckstraat 35
B-9000 Gent
|