20. Analyseer het DNA van een virus
Omschrijving
Een analyse van het genotype van DNA of gewoonweg de identificatie van DNA kan gebeuren aan de hand van restrictie-enzymen en elektroforese.
Een bacteriofaag is een virus dat in staat is om een bacteriecel te infecteren door zijn DNA naar binnen te brengen. Bacteriofagen worden veel gebruikt in de biotechnologie om “vreemd” DNA binnen te smokkelen in bacteriecellen (transformatie). Zo kan een stuk menselijk DNA (gen) dat informatie voor de aanmaak van een eiwit bevat, overgebracht worden via het virus naar de bacterie. Die bacterie zal dan dit eiwit (in grote hoeveelheden) kunnen produceren.
Drie stalen gezuiverd DNA van de bacteriofaag l (48502 basenparen lang) worden geïncubeerd bij 37 °C, elk met één van de volgende restrictie-endonucleasen: EcoRI, BamHI, of HindIII. Elk enzym heeft 5 of meer restrictieplaatsen (knipplaatsen) op het l chromosoom, en zal dus zes of meer restrictiefragmenten voortbrengen telkens met variërende lengte. Een vierde staal, de negatieve controle, wordt geïncubeerd zonder een endonuclease (enkel gezuiverd DNA) en blijft bijgevolg intact.
De al dan niet behandelde DNA-stalen worden dan geladen vanuit de laadopeningen van een 0.8% agarose gel. Een elektrisch veld wordt aangelegd over de gel, waardoor de DNA-fragmenten in de laadopening migreren door de gel matrix in de richting van de positieve elektrode. De gel matrix handelt hier als een zeef waarbij kleinere DNA-fragmenten vlugger migreren dan grotere fragmenten; restrictiefragmenten van verschillende lengtes zullen zo gescheiden worden onder de vorm van bandjes gedurende de elektroforese.
Het karakteristiek patroon van de bandjes voortgebracht door ieder restrictie-enzym wordt zichtbaar gemaakt door de bandjes te kleuren met een kleurstof welke bindt aan de DNA-molecule.
Begeleiders
Christophe Wille en Imca Sampers
Plaats
Hogeschool West-Vlaanderen
Departement PIH
Afdeling Biochemie
G. K. De Goedelaan 5
8500 Kortrijk
|